第三者上空での特定飛行（いわゆるレベル4飛行）が可能かどうかの違いです。一等無人航空機操縦士は第三者上空でのレベル4飛行（有人地帯上空の目視外飛行）を行うための要件を満たす資格です。二等無人航空機操縦士は、従来許可・承認が必要だった一部の飛行について、第三者の立入管理措置を条件に許可・承認が不要となる要件を満たす資格です。つまり、一等はより高度な（第三者上空を含む）飛行が可能で、二等は従来承認が必要だった飛行の一部を条件付きで承認不要にできる資格です。